1880年(即光绪六年),敖天印亲赴琉球群岛探听军情后,曾两度赴台湾,指挥并参与台湾防务建设。1881年,他又随福建巡抚岑毓英赴台,修建新化、新竹两县交界的大甲溪及河堤,沟通台湾岛南北交通,
以备军事防务。次年又奉命去台湾修葺城池,带领士卒和民工修筑台北府7公里的城墙,开挖护城河,以备抵御外敌。
1883年,敖天印奉命驻守伊犁。1884年,中法战争**,法军进犯福建沿海和台湾省,敖天印调赴福建前线,驻守闽江口的军事要塞长门,率士卒昼夜巡逻,始终不懈,并修筑海长城,修道路,挖地道,建设崖石、龙山等各处炮台工程,加强海疆防卫工事建设。
1886年,在闽江口建筑崖石炮台,安装大炮,守护国土,有力打击了法、日侵略者的入侵,粉碎了侵略者吞并台湾的阴谋。当地群众盛赞敖天印坚守海疆之功,赠其“海疆**”金字匾额。