1947年5月5日,“台湾全省警备总司令部”成立,彭孟缉升任**任司令,任内对于“良善者固均予以**,而险恶者亦未使其漏网”。
1948年9月22日晋任陆军中将。1949年1月18日,“台湾警备司令部”成立,陈诚兼任总司令,彭孟缉任副总司令;8月20日,秘密保安组织“**行动委员会”正式成立于台北圆山,由唐纵(警政署长)挂名召集人,***掌握实权,彭孟缉等人为该会委员;9月1日“台湾警备总司令部”改编为“台湾保安司令部”,彭孟缉改任“台湾省**”委员兼“台湾保安司令部”中将司令。
1950年3月,***派彭孟缉为“台湾情报工作委员会”主任,负责协调指挥各谍报部门,主持全台*高的情*机构,并兼任圆山军官训练团教育长;6月5日***在“台湾保安司令部”官兵大会上宣布由吴国桢任台湾保安司令,彭孟缉任副司令,后兼任台湾省保安处处长、“革命实践研究院”附设干部训练团主任等。1952年7月16日,“台北市卫戊司令部”成立,彭孟缉兼任司令,并兼台湾省保安司令部副司令、军学研究会主任、动员干部训练班主任、军事动员设计委员会主任;10月19日当选***第七届中央委员。
1953年1月28日加陆军上将衔。1954年5月,彭孟缉接受友人的劝诫向***请辞,将“情*大权”交予***执掌,7月任“参谋本部(参谋总长桂永清)”副参谋总长;8月12日桂永清突然病死,13日彭孟缉以陆军中将军阶加上将衔,代理“参谋本部”参谋总长,他与时任总统府参军长的孙立人,常因“体制”问题发生冲突。1955年5月25日,台湾爆发少校郭廷亮发动“兵谏”案,彭孟缉秉承***的旨意,以郭廷亮为孙立人部属为由,对其实行看管侦讯,孙立人被判处监禁;6月20日彭孟缉正式就任“参谋本部”参谋总长,同时晋任陆军二级上将,权势如日中天。1957年5月24日,台湾发生“刘自然事件”,***为向美国交代,撤换包括“参谋总长”彭孟缉、“陆军总司令”黄杰、“宪兵司令”刘炜、“台北卫戍司令”黄珍吾在内的高级将领,6月25日彭孟缉调任“陆军总司令部”总司令兼“台湾防卫司令部”总司令,他在总司令任内特别重视军中情报的搜集,使当时的军中安全,号为“国府迁台以来*严密者”;10月23日当选为***第八届中央常务委员。