完成组建新四军的任务后,项英随新四军军部进抵皖南不久,就建议派先遣支队去苏南敌后进行战略侦察,先遣队出动
后,**、二、四支队也相继出动,取得蒋家河口、韦岗等初战的胜利。同年11月,他根据**指示,派张云逸参谋长赴江北、加强**斗争的**。
1939年,项英不仅参与了新四军“向南巩固、向东作战、向北发展”方针的制定,还认真组织贯彻。在皖中,组建了江北指挥部,组建第五支队,负责开辟皖东**根据地;先后派军部特务营、第四团**营和第五团第三营赴江北,增强了江北部队的骨干力量。
在苏南,成立了江南指挥部,当“江抗”西撤后,立即派何克希等同志东返主持,后又派谭震林同志任“江抗”东路指挥部司令兼**委员,命令六团和四团和管文蔚各一部,从扬中北渡长江,为陈毅、粟裕同志随后率江南主力北渡开辟苏北作了准备。在皖南,进行了坚持抗战阵地的激烈斗争,取得了五次繁昌保卫战和1940年4月、10月两次反“扫荡”的胜利。
在三年期间,新四军共歼敌九万余人,部队也发展到近十万人。在严酷的环境中,项英仍十分重视部队的教育训练和干部队伍建设,强调要做好**思想工作,发扬艰苦奋斗的优良传统,举办教导总队,大力培养干部,努力提高军政素质。他的《新阶段中我们江南抗战的任务》、《一年来作战的经验与本军建军工作》等文章,是新四军建军和**工作史上的重要文献。