城遗址东西长4.5公里,南北宽3.5公里,约16平方公里,城墙周长15.5公里,现存城垣一般高出平地3.9至8米,底部宽30至40米,上部宽10-20米,都为夯土筑成,城垣有内外坡 ,外坡较内坡陡,有利于防御,在城垣外坡20-40米有护城河,河宽40-80米。通过考古发掘,纪南城有城门10个,南北共有三个水门,水城门有三个并行的门道,均可容3米宽的船行驶通过。七个陆门也有三个门道,中间驰道有8米宽供楚王进出,旁过两个旁道宽4米供百姓平时进出。
纪南城内分区明确,有宫殿区、贵族区,平民区和手工业作坊区。城东南部有大型宫殿遗址,约有160万平方米左右。
宫殿区台基中有一组台基正南北向正对南门和宫城北门形成主轴,宫室特征明显:高台层、木立柱,陶筒瓦,夯土筑墙,板瓦盖顶。附近分布着纺织、冶炼等作坊遗址及商业区遗址,有古井256口四类:生活用、作坊用、冷藏用和储藏用,可见当时曾繁盛一时。秦大将白起“拔郢”后,此城已成废墟,现在城内为农田园,阡陌交错。