早期从事磁流体力学研究。70年代转入日地物理研究,对太阳活动区磁场,太阳耀斑的波动模型,日冕瞬变的活塞驱动理论,日球磁场的三维结构,太阳风加速机制,磁层亚暴的磁流体力学波动模型,地球极区极风的慢MHD激波结构等**问题提出了新概念。
在天体物理方面,研究了密度波理论共转奇异性以及非线性不稳定性引起的困难,提出星系螺旋结构的星系激波理论,利用摄动展开求出了射电双源射流的精细结构。胡文瑞院士对星系螺旋结构,射电星系射流精细结构,宇宙磁场三维位形,太阳风加速,太阳耀斑,磁层亚爆等的理论研究都有建树。
近年来胡文瑞院士积极**及倡导微重力科学的研究和发展,为我国微重力科学的发展作出了重大贡献,是我国微重力科学研究的奠基人。