1912年1月,中华**临时**在南京成立,黎元洪被选为副总统兼领鄂督。2月,南北和议告成,与孙武、刘成禺、张伯
烈等组织“民社”,任理事长,鼓动武昌和南京**;附和袁世凯定都北京;**“群英会”;为排除异己,将原8个师的军队改编为3个师。8月16日与袁世凯合谋,诱杀湖北军**军务部副部长张振武和湖北将校团团长方维。
1913年袁世凯扑灭“二次革命”。10月6日袁世凯任中华**正式大总统,黎元洪为正式副总统兼鄂督。但袁对黎元洪在鄂视为心腹之患。12月派段祺瑞到鄂,以“磋商要政”为词,迫黎元洪赴京。被安置在瀛台,与之结为儿女姻亲以控制之。1915年袁世凯帝制自为,黎迁居东厂胡同,闭门谢客。12月15日,袁册封黎元洪为武义亲王。黎元洪坚辞不就。
1916年6月6日袁世凯死,黎元洪出任大总统。而国务总理段祺瑞*断专行,演成“府院之争”。翌年6月,黎元洪引长江巡阅使张勋入京斡旋,7月1日张勋复辟,黎元洪被迫弃职。
1922年6月,直系军阀曹锟、吴佩孚赶走皖系总统徐世昌,“法统重光”再任大总统。次年初曹锟贿选,逼黎下野。6月黎元洪辞职赴天津。
黎元洪晚年致力于实业,曾任中兴煤矿董事长、黄陂商业银行总董事和南洋兄弟烟草公司等企业的董事。投
资企业45个,其中银行17家,工厂12个、煤矿6家,总投资额达200万元。又于武昌油坊岭等地购置大量田产。
1920年,黎元洪眷念故乡,捐资拆迁黎家河祖遗的一间半屋,修建黎氏宗祠。内设孝义小学堂,聘请塾师一人,塾师工资及学生学杂费用,都由黎元洪负担。
1928年6月3日,黎元洪因为脑溢血在天津去世。黎死后,以国葬的形式葬在土公山(现华中师范大学东南门附近)。
1935年11月24日中华**国民**于武昌为黎元洪举行国葬典礼,遗体归葬于武昌卓刀泉。